外国人研修制度・技能実習制度については、実態は非熟練労働者受け入れのための制度になっているのではという批判がある。事実、香川県のある事例では、実習生を安価な作業員としてしか使わず、甚だしいことに、給与からさらに衣食住の費用を天引きし、契約の半額以下の給与しか支給していなかった事業所があった。これは氷山の一角で、同種の例はたくさんある。（ → 制度の問題点 ） また、本来の目的である途上国への技術移転が不十分である、との声も強い。留学生の受け入れに関しても、不法就労につながることが危惧されることがある。
2001年にKSD事件が発覚し、小山孝雄参議院議員が国会において技能実習制度における滞在期間の延長を求めた件につき、ケーエスデー中小企業経営者福祉事業団から供与を受けたとして受託収賄容疑で逮捕された。また同年には、酒田短期大学が受け入れた大量の中国人留学生のうち相当数が不法就労を行なっていたことが発覚し、これら受け入れ制度に対する信頼は大きく傷ついた。
本制度については、2007年、批判を背景に制度の見直しが各省庁で始まった。
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日本では、外国人労働者が多数居住する地区（例として近在に自動車関連の工場がある群馬県太田市や大泉町、静岡県浜松市、愛知県豊田市など）は、スーパーマーケットも地元日本人客が敬遠する場合も見られ、それら外国人労働者相手の食料・衣料品の商店や、理容室・レンタルビデオ店から旅行代理店などのサービス業者が誕生し、さながら外国人街の様子をなしているケースも発生している。また言葉が通じない事によって発生する文化摩擦も深刻で、生活習慣の違いから、住民間のいざこざが起こるケースも見られる。例としては以下のようなもの。
独居入居者用のアパート等に、常時十数人もの住人が住み、昼夜を問わず生活雑音がする
ゴミの分別方法（燃えるゴミ、金属、ガラスなど）が判らず、ゴミの出し方が悪い
公的な医療援助を受けていないため、異常に不健康そうである
文化的に異質過ぎて理解出来ない 。