第一次大戦後のパリ講和会議では人種差別撤廃条項を提案するも、イギリス・アメリカなどの議長拒否権により不成立に終わっている。
第二次大戦では人種差別を国是とするナチス・ドイツと軍事同盟を結んだが、人種差別的な主張と政策には否定的非協力的であった。戦前から満州国にユダヤ人自治州を作る河豚計画が存在しており、三国同盟成立でそれが頓挫したあともドイツからの引き渡し要求には応じようとしなかった。そのため欧州から脱出するユダヤ人にとってソ連-満洲-米国他へのルートは重要なものとなっていた。しかし戦争が激化するにつれ同盟国への配慮からユダヤ人へのビザ発給を断るようになるが、人道上の理由から大量のビザを発給した外交官杉原千畝などもいる。同氏は外務省に指示を求めたが、翌日に否認。松岡洋右外務大臣にも直接求めたが、大臣本人からも否認され、「独自の判断で」裁量権を行使した。1947年に帰国後、行政整理臨時職員令（昭和21年勅令第40号）に基づき解雇されたが、妻幸子によれば、その際、口頭で「例の件」の責任を理由として告げられたと言う。杉原の死後5年経った1992年3月の予算委員会で、日本政府(宮沢喜一首相)は初めて杉原の功績をたたえた。その際、渡辺美智雄外務大臣は、「(数年間各国大使館で勤務したことなどから)杉原さんが訓令違反で処分されたという記録はどこにもない」と答弁し、2006年3月24日には、懲戒処分されたと言う事実はなく、杉原本人が「昭和22年6月7日に依願退職」したとする答弁書を閣議決定した。
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第二次世界大戦後、進駐軍の黒人兵と日本人女性との混血児を「黒ん坊」として差別することもあった。黒人の文化人としての実像が知られるようになるのは、プロ野球選手のウォーレン・クロマティがテレビに登場して、親しみやすいキャラクターで愛されるようになってからであると言われている。